Но в 1674 году указом царя Алексея Михайловича Саратов был опять перенесён на правый берег Волги.
С первых лет существования Саратов воевал. Вплоть до первой половины XVIII века он подвергался нападению и разорялся степняками - калмыками и кубанскими татарами. Не миновали его события Смутного времени: в 1604 году город был занят самозванцем Ильёй из Мурома, принявшим имя Петра Фёдоровича, сына царя Фёдора Иоанновича. В 1670 году Саратов стал одним из центров крестьянской войны под предводительством Степана Разина, который учредил в нём казачье управление - Казачий круг. В 1707 году город осаждали отряды Кондратия Булавина, причинив Саратову немалые беды. Дважды, в 1695 и 1722 годах, посещал город царь Пётр I, который щедрой царской рукой подарил Саратову земли "с лесы, угодья, сенные покосы и рыбные ловли", видимые с Соколиной горы.
Военной крепостью Саратов оставался до создания Царицынской сторожевой линии, то есть до 1718 года. В качестве провинциального города он принадлежал поочерёдно Казанской и Астраханской губерниям. Рос и развивался город быстро. К середине XVIII века в нём проживало более 15 тысяч человек, основным занятием которых были рыбный промысел, добыча соли и земледелие. Более 1 200 домов, 300 лавок и большое количество рыбных и соляных амбаров имелось в Саратове в то время. В европейскую часть России шли из города водным и сухопутным путями рыба и добываемая из Эльтонского озера соль. Это обогащало казну. В 1747 году здесь было учреждено Соляное управление, что сделало Саратов важным торгово-промышленным городом, крупным перевалочным пунктом, центром торговли рыбой и солью. Посетившие Саратов говорили, что его "можно почесть за один из лучших волжских провинциальных городов".
Во время крестьянской войны под предводительством Пугачёва отряды восставших подошли к Саратову в августе 1774 года, и после небольшого боя город был ими взят. Пугачёв находился в Саратове три дня. В это время были открыты все хлебные и соляные амбары для бесплатной раздачи продуктов. Население присягнуло "новому царю Петру III, а войско Пугачёва пополнилось солдатами и казаками - жителями города.
В 1780 году было учреждено Саратовское наместничество; Саратов получил Статус главного города нового наместничества (с1797 года - губернии). Данный городу герб (на голубом фоне три стреляди) говорил о рыбных богатствах края. В центре города были построены новые административные здания - губернское правление, суд, казначейство, архив и прочие, обязательные для губернского города. Население Саратова было многонациональным: в нём проживали русские, татары, чуваши, мордва, украинцы, цыгане. Крупных фабрик и заводов в Саратове не было и в начале XIX века, а занятия его жителей отразились в названиях улиц - Кузнечная, Тулупная, Мясницкая, Шелковичная, Кирпичная. Ещё в начале XVIII века местными казаками для несения сторожевой службы в Саратове была сформирована казачья сотня Астраханского казачьего войска, преобразованная затем в станицу. Саратовская станица считалась самой богатой в Астраханском воске, имела своего начальника, правление, суд и казну. Казаки селились на Большой и Малой Казачьих улицах и считались городскими жителями. Росту численности населения способствовал перевод на жительство в Саратов немцев-колонистов и старообрядцев, основавших за городской чертой отдельные слободы, впоследствии вошедшие в территорию города. В начале XIX века в городе проживало 27 тысяч человек. По новому генеральному плану, утверждённому в 1811 году, после сильного пожара, который уничтожил большую часть города, в Саратове появились прямоугольная сетка улиц и большие новые площади.
Отечественная война 1812 года вызвала в городе большой патриотический подъём. В местных мастерских для вооружения армии было отремонтировано 12 пушек, 350 ружей и несколько тысяч пик. На собранные добровольные пожертвования было куплено 58 пушек, не говоря уже о нескольких сформированных отрядах ополчения, прошедших с боями от Бородина до Парижа. Многие воины-саратовцы были отмечены боевыми орденами, а трое получили золотые шпаги с надписью "За храбрость". В 1813 году сюда ссылали пленных французов, которых использовали на общественных работах - они выравнивали овраги, строили плотины, сажали сады. В дальнейшем многие из них приняли русское подданство и остались навсегда в Саратове, заселив кварталы немецкой слободы. Одни из них приглашались в качестве гувернёров и учителей в русские семейства и учебные заведения, другие открыли в городе ремесленные заведения - сапожные и мебельные. В память о победе над Наполеоном в центре города был возведён храм Александра Невского.